Desa Protomulyo, berdiri sejak tahun 1960. Sebelumnya wilayah administratif Desa Protomulyo terbagi menjadi dua wilayah, yaitu Protokulon dan Protowetan. Kesamaan tradisi diantara kedua desa tersebut menciptakan harmonisasi yang indah. Dengan dimotori oleh tokoh masyarakat yang bernama Dalang Jaman. Pada tahun 1961, diadakan pemilihan Kepala Desa yang membuat kesepakatan untuk menyatukan wilayah tersebut menjadi satu desa.
Dalam proses pemberian nama desa baru, disepakati bersama oleh masyarakat untuk memakai nama Protomulyo atas usulan salah satu tokoh pendidikan setempat. Selain menjadi desa siaga mandiri, kini desa Protomulyo yang dipimpin oleh Jumarno bertekad untuk menjadi desa yang maju dan sejahtera serta menjadi desa percontohan di kecamatan Kaliwungu Selatan.
